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Tumor microenvironment evolution simulated through a hybrid Multi-Agent Spatio-Temporal model informed using sequencing data
2022 Milia, Mikele; Cesaro, Giulia; Baruzzo, Giacomo; Finco, Giovanni; Morandini, Francesco; Lazzarini, Alessio; Alotto, Piergiorgio; Filipe da Cunha Carvalho de Miranda, Noel; Trajanoski, Zlatko; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Simulate personalized tumor microenvironment evolution through a hybrid Multi-Agent Spatio-Temporal model informed by sequencing data
2022 Cesaro, Giulia; Milia, Mikele; Baruzzo, Giacomo; Alotto, Piergiorgio; Filipe da Cunha Carvalho de Miranda, Noel; Trajanoski, Zlatko; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Optimizing PCR primers targeting the bacterial 16S ribosomal RNA gene
2018 Sambo, Francesco; Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Baruzzo, Giacomo; Masi, Giulia; Peta, Elektra; Falda, Marco; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; Di Camillo, Barbara
A genome-wide association study of diabetic kidney disease in subjects with type 2 diabetes
2018 Van Zuydam, N. R.; Ahlqvist, E.; Sandholm, N.; Deshmukh, H.; William Rayner, N.; Abdalla, M.; Ladenvall, C.; Ziemek, D.; Fauman, E.; Robertson, N. R.; Mckeigue, P. M.; Valo, E.; Forsblom, C.; Harjutsalo, V.; Perna, A.; Rurali, E.; Loredana Marcovecchio, M.; Igo, R. P.; Salem, R. M.; Perico, N.; Lajer, M.; Karajamaki, A.; Imamura, M.; Kubo, M.; Takahashi, A.; Sim, X.; Liu, J.; Van Dam, R. M.; Jiang, G.; Tam, C. H. T.; Luk, A. O. Y.; Lee, H. M.; Lim, C. K. P.; Szeto, C. C.; So, W. Y.; Chan, J. C. N.; Ang, S. F.; Dorajoo, R.; Wang, L.; Clara, T. S. H.; Mcknight, A. -J.; Duffy, S.; Warren, ; Pezzolesi, M. G.; Marre, M.; Gyorgy, B.; Hadjadj, S.; Hiraki, L. T.; Ahluwalia, T. S.; Almgren, P.; Schulz, C. -A.; Orho-Melander, M.; Linneberg, A.; Christensen, C.; Witte, D. R.; Grarup, N.; Brandslund, I.; Melander, O.; Paterson, A. D.; Tregouet, D.; Maxwell, A. P.; Lim, S. C.; Ma, R. C. W.; Shyong Tai, E.; Maeda, S.; Lyssenko, V.; Tuomi, T.; Krolewski, A. S.; Rich, S. S.; Hirschhorn, J. N.; Florez, J. C.; Dunger, D.; Pedersen, O.; Hansen, T.; Rossing, P.; Remuzzi, G.; Brosnan, M. J.; Palmer, C. N. A.; Groop, P. -H.; Colhoun, H. M.; Groop, L. C.; Mccarthy, M. I.; Koivula, S.; Uggeldahl, T.; Forslund, T.; Halonen, A.; Koistinen, A.; Koskiaho, P.; Laukkanen, M.; Saltevo, J.; Tiihonen, M.; Forsen, M.; Granlund, H.; Jonsson, A. C.; Nyroos, B.; Kinnunen, P.; Orvola, A.; Salonen, T.; Vahanen, A.; Paldanius, K. R.; Riihela, M.; Ryysy, L.; Laukkanen, K. H.; Nylanden, P.; Sademies, A.; Anderson, S.; Asplund, B.; Byskata, U.; Liedes, P.; Kuusela, M.; Virkkala, T.; Nikkola, A.; Ritola, E.; Niska, T. M.; Saarinen, H.; Oukko-Ruponen, S. E.; Virtanen, T.; Lyytinen, V. A.; Kari, P. H.; Simonen, T.; Kaprio, S. A.; Karkkainen, J.; Rantaeskola, B.; Kaariainen, T. P.; Haaga, J.; Pietilainen, A. L.; Klemetti, S.; Nyandoto, T.; Rontu, E.; Satuli-Autere, S.; Toivonen, K. R.; Lansimaki, H. V.; Ahonen, R.; Ivaska-Suomela, M.; Jauhiainen, A.; Laine, M. M.; Pellonpaa, T.; Puranen, R.; Airas, M. A.; Laakso, J.; Rautavaara, K.; Erola, R. M.; Jatkola, E.; Lonnblad, T. R.; Malm, A.; Makela, J.; Rautamo, E.; Hentunen, P.; Lagerstam, J.; Feodoroff, M.; Gordin, D.; Heikkila, O.; Hietala, K.; Fagerudd, J.; Korolainen, M.; Kyllonen, L.; Kyto, J.; Lindh, S.; Pettersson-Fernholm, K.; Rosengard-Barlund, M.; Sandelin, A.; Thorn, L.; Tuomikangas, J.; Vesisenaho, T.; Waden, J.; Sipila, V.; Kalliomaki, F. T.; Koskelainen, J.; Nikkanen, R.; Savolainen, N.; Sulonen, H.; Valtonen, E.; Norvio, L.; Hamalainen, A.; Toivanen, E.; Parta, J. A.; Pirttiniemi, I.; Aranko, S.; Ervasti, S.; Kauppinen-Makelin, R.; Kuusisto, A.; Leppala, T.; Nikkila, K.; Pekkonen, L.; Jokelainen, K. S.; Kananen, K.; Karjalainen, M.; Kemppainen, P.; Mankinen, A. M.; Reponen, A.; Sankari, M.; Suominen, P.; Lappalainen, A.; Liimatainen, M.; Santaholma, J.; Aimolahti, A.; Huovinen, E.; Ilkka, V.; Lehtimaki, M.; Palikko-Kontinen, E.; Vanhanen, A.; Koskinen, E.; Siitonen, T.; Huttunen, E.; Ikaheimo, R.; Karhapaa, P.; Kekalainen, P.; Laakso, M.; Lakka, T.; Lampainen, E.; Moilanen, L.; Tanskanen, S.; Niskanen, L.; Tuovinen, U.; Vauhkonen, I.; Voutilainen, E.; Huang, Y.; Lan, H. Y.; Lok, S.; Tomlinson, B.; Tsui, S. K. W.; Yu, W.; Yip, K. Y. L.; Chan, T. F.; Fan, X.; Tang, N.; Tian, X.; Chan, K. K. H.; Xie, F.; Ng, A. C. W.; Cheung, G. P. Y.; Yeung, M. W.; Mai, S.; Xie, F.; Zhang, S.; Yu, P.; Weng, M.; Savage, D. A.; Walker, J.; Thomas, S.; Viberti, G. C.; Boulton, A. J. M.; Marshall, S.; Demaine, A. G.; Millward, B. A.; Bain, S. C.; Makinen, V. P.; Ahola, A. J.; Dahlstrom, E.; Gordin, D.; Heikkila, O.; Hietala, K.; Kyto, J.; Lehto, M.; Lithovius, R.; Panduru, N. M.; Parkkonen, M.; Rosengard-Barlund, M.; Saraheimo, M.; Soderlund, J.; Soro-Paavonen, A.; Syreeni, A.; Thorn, L. M.; Tolonen, N.; Waden, J.; Mckay, G. J.; Isakova, T.; Guiducci, C.; Taylor, A.; Mirel, D. B.; Williams, W. W.; Brennan, E. P.; Sadlier, D. M.; Martin, F.; Godson, C.; Mayer, L.; Gubitosi-Klug, R.; Bourne, P.; Schutta, M.; Lackaye, M. E.; Gregory, N. S.; Kruger, D.; Jones, J. K.; Bhan, A.; Golden, E.; Aiello, L.; Larkin, M.; Nathan, D.; Ziegler, G.; Caulder, S.; Pittman, C.; Luttrell, L.; Lopes-Virella, M.; Johnson, M.; Gunyou, K.; Bergenstal, R.; Vittetoe, B.; Sivitz, W.; Flaherty, N.; Bantle, J.; Hitt, S.; Goldstein, D.; Hainsworth, D.; Cimino, L.; Orchard, T.; Wigley, C.; Dagogo-Jack, S.; Strowig, S.; Raskin, P.; Barnie, A.; Zinman, B.; Fahlstrom, R.; Palmer, J.; Harth, J.; Driscoll, M.; Mcdonald, C.; Lipps Hagan, J.; May, M.; Levandoski, L.; White, N.; Gatcomb, P.; Tamborlane, W.; Adelman, D.; Colson, S.; Molitch, M.; Lorenzi, G.; Mudaliar, S.; Johnsonbaugh, S.; Miller, R.; Canady, J.; Schade, D.; Bernal, M. L.; Malone, J.; Morrison, A.; Martin, C.; Herman, W.; Pop-Busui, R.; Cowie, C.; Leschek, E.; Cleary, P.; Lachin, J.; Zinman, B.; Lorenzi, G.; Braffett, B.; Steffes, M.; Arends, V.; Blodi, B.; Danis, R.; Lawrence, D.; Wabers, H.; Soliman, E.; Zhang, Z. M.; Campbell, C.; Hensley, S.; Keasler, L.; Mark, M.; Albertini, M.; Boustany, C.; Ehlgen, A.; Gerl, M.; Huber, J.; Scholch, C.; Zimdahl-Gelling, H.; Agardh, E.; Ajanki, T.; Al Maghrabi, N.; Apelqvist, J.; Bengtsson, E.; Berglund, L.; Bjorckbacka, H.; Blom-Nilsson, U.; Borell, M.; Burstrom, A.; Cilio, C.; Cinthio, M.; Dreja, K.; Duner, P.; Engelbertsen, D.; Fadista, J.; Gomez, M.; Goncalves, I.; Hedblad, B.; Hultgardh, A.; Johansson, M. E.; Kennback, C.; Kravic, J.; Lernmark, A.; Lindholm, E.; Ling, C.; Luthman, H.; Neptin, M.; Nilsson, J.; Nilsson, P.; Nilsson, T.; Nordin, G.; Ottoson-Laakso, E.; Persson, A.; Persson, M.; Persson, M. A.; Postma, J.; Pranter, E.; Rattik, S.; Sterner, G.; Tindberg, L.; Wigren, M.; Zetterqvist, A.; Akerlund, M.; Ostling, G.; Kanninen, T.; Ahonen-Bishopp, A.; Eliasson, A.; Herrala, T.; Tikka-Kleemola, P.; Hamsten, A.; Betsholtz, C.; Bjorkholm, A.; Foroogh, F.; Genove, G.; Gertow, K.; Gigante, B.; He, B.; Leander, K.; Mcleod, O.; Nastase-Mannila, M.; Patrakka, J.; Silveira, A.; Strawbridge, R.; Tryggvason, K.; Vikstrom, M.; Ohrvik, J.; Osterholm, A. M.; Thorand, B.; Gieger, C.; Grallert, H.; Ludwig, T.; Nitz, B.; Schneider, A.; Wang-Sattler, R.; Zierer, A.; Benigni, A.; Donadelli, R.; Lesti, M. D.; Noris, M.; Piras, R.; Ruggenenti, P.; Chassin, L.; Dalton, N.; Deanfield, J.; Horsford, J.; Rice, C.; Rudd, J.; Walker, N.; Whitehead, K.; Wong, M.; Adams, F.; Akbar, T.; Belch, J.; Dove, F.; Ellingford, A.; Farran, B.; Ferguson, M.; Henderson, G.; Houston, G.; Khan, F.; Leese, G.; Livingstone, S.; Looker, H.; Mccann, M.; Mcgurnaghan, S.; Morris, A.; Newton, D.; Pearson, E.; Reekie, G.; Smith, N.; Shore, A.; Aizawa, K.; Ball, C.; Bellenger, N.; Casanova, F.; Frayling, T.; Gates, P.; Gooding, K.; Hattersley, A.; Ling, R.; Mawson, D.; Shandas, R.; Strain, D.; Thorn, C.; Smith, U.; Hammarstedt, A.; Haring, H.; Sesti, G.; Fagerholm, E.; Parkkonen, M.; Tolonen, N.; Toppila, I.; Salomaa, V.; Havulinna, A.; Kristiansson, K.; Okamo, P.; Peltola, T.; Perola, M.; Pietila, A.; Ripatti, S.; Taimi, M.; Yla-Herttuala, S.; Babu, M.; Dijkstra, M.; Gurzeler, E.; Huusko, J.; Kholova, I.; Laakso, M.; Merentie, M.; Poikolainen, M.; Groves, C.; Juliusdottir, T.; Karpe, F.; Lagou, V.; Morris, A.; Cobelli, C.; Di Camillo, B.; Finotello, F.; Sambo, F.; Toffolo, G.; Trifoglio, E.; Bellazzi, R.; Barbarini, N.; Bucalo, M.; Larizza, C.; Magni, P.; Malovini, A.; Marini, S.; Mulas, F.; Quaglini, S.; Sacchi, L.; Vitali, F.; Ferrannini, E.; Boldrini, B.; Kozakova, M.; Mari, A.; Morizzo, C.; Mota, L.; Natali, A.; Palombo, C.; Venturi, E.; Walker, M.; Patrono, C.; Pagliaccia, F.; Rocca, B.; Nuutila, P.; Haukkala, J.; Knuuti, J.; Roivainen, A.; Saraste, A.; Mckeague, P.; Colombo, M.; Steckel-Hamann, B.; Bokvist, K.; Shankar, S.; Thomas, M.; Gan, L. M.; Heinonen, S.; Jonsson-Rylander, A. C.; Momo, R.; Schnecke, V.; Unwin, R.; Walentinsson, A.; Whatling, C.; Nogoceke, E.; Pacheco, G. D.; Formentini, I.; Schindler, T.; Tortoli, P.; Bassi, L.; Boni, E.; Dallai, A.; Guidi, F.; Lenge, M.; Matera, R.; Ramalli, A.; Ricci, S.; Viti, J.; Jablonka, B.; Crowther, D.; Gassenhuber, J.; Hess, S.; Hubschle, T.; Juretschke, H. P.; Rutten, H.; Sadowski, T.; Wohlfart, P.; Clerin, V.; Hyde, C.; Malarstig, A.; Pullen, N.; Tilley, M.; Tuthill, T.; Vangjeli, C.
Hypoglycemia-induced EEG complexity changes in Type 1 diabetes assessed by fractal analysis algorithm
2017 Scarpa, F.; Rubega, M.; Zanon, M.; Finotello, F.; Sejling, A. -S.; Sparacino, G.
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort
2016 Hill, Steven M; Heiser, Laura M; Cokelaer, Thomas; Unger, Michael; Nesser, Nicole K; Carlin, Daniel E; Zhang, Yang; Sokolov, Artem; Paull, Evan O; Wong, Chris K; Graim, Kiley; Bivol, Adrian; Wang, Haizhou; Zhu, Fan; Afsari, Bahman; Danilova, Ludmila V; Favorov, Alexander V; Lee, Wai Shing; Taylor, Dane; Hu, Chenyue W; Long, Byron L; Noren, David P; Bisberg, Alexander J; Mills, Gordon B; Gray, Joe W; Kellen, Michael; Norman, Thea; Friend, Stephen; Qutub, Amina A; Fertig, Elana J; Guan, Yuanfang; Song, Mingzhou; Stuart, Joshua M; Spellman, Paul T; Koeppl, Heinz; Stolovitzky, Gustavo; Saez Rodriguez, Julio; Mukherjee, Sach; HPN DREAM, Consortium: Rami Al Ouran; Bernat, Anton; Tomasz, Arodz; Omid, Askari Sichani; Neda, Bagheri; Noah, Berlow; Anwesha, Bohler; Jaume, Bonet; Richard, Bonneau; Gungor, Budak; Razvan, Bunescu; Mehmet, Caglar; Binghuang, Cai; Chunhui, Cai; Azzurra, Carlon; Lujia, Chen; Mark, F. Ciaccio; Gregory, Cooper; Susan, Coort; Chad, J. Creighton; Seyed Mohammad Hadi, Daneshmand; Alberto, de la Fuente; DI CAMILLO, Barbara; Dutta, Moscato; Kevin, Emmett; Chris, Evelo; Mohammad Kasim, H. Fassia; Justin D, Finkle; Finotello, Francesca; Xi, Gao; Jean, Gao; Javier, Garcia Garcia; Samik, Ghosh; Giaretta, Alberto; Ruth, Großeholz; Justin, Guinney; Christoph, Hafemeister; Oliver, Hahn; Saad, Haider; Takeshi, Hase; Jay, Hodgson; Bruce, Hoff; Chih, Hao Hsu; Ying, Hu; Xun, Huang; Mahdi, Jalili; Xia, Jiang; Tim, Kacprowski; Lars, Kaderali; Mingon, Kang; Venkateshan, Kannan; Kaito, Kikuchi; Dong Chul, Kim; Hiroaki, Kitano; Bettina, Knapp; George, Komatsoulis; Andreas, Krämer; Miron, Bartosz Kursa; Martina, Kutmon; Yichao, Li; Xiaoyu, Liang; Zhaoqi, Liu; Yu, Liu; Songjian, Lu; Xinghua, Lu; Manfrini, Marco; Marta R. A, Matos; Daoud, Meerzaman; Wenwen, Min; Christian, Lorenz Müller; Richard E, Neapolitan; Baldo, Oliva; Stephen, Obol Opiyo; Ranadip, Pal; Aljoscha, Palinkas; Joan, Planas Iglesias; Daniel, Poglayen; Sambo, Francesco; Sanavia, Tiziana; Ali, Sharifi Zarchi; Janusz, Slawek; Adam, Streck; Sonja, Strunz; Jesper, Tegnér; Kirste, Thobe; Toffolo, GIANNA MARIA; Trifoglio, Emanuele; Qian, Wan; Lonnie, Welch; Jia, J. Wu; Albert, Y. Xue; Ryota, Yamanaka; Chunhua, Yan; Sakellarios, Zairis; Michael, Zengerling; Hector, Zenil; Shihua, Zhang; Zhike, Zi
Measuring the diversity of the human microbiota with targeted next-generation sequencing
2016 Finotello, Francesca; Mastrorilli, Eleonora; DI CAMILLO, Barbara
FunPat: function-based pattern analysis on RNA-seq time series data
2015 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Measuring differential gene expression with RNA-seq: challenges and strategies for data analysis
2015 Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Computational methods for the analysis of gene expression from RNA sequencing data
2014 Finotello, Francesca
Global transcriptomic analysis of human pancreatic islets reveals novel genes influencing glucose metabolism
2014 Fadista, J; Vikman, P; Laakso, Eo; Mollet, Ig; Esguerra, Jl; Taneera, J; Storm, P; Osmark, P; Ladenvall, C; Prasad, Rb; Hansson, Kb; Finotello, F; Uvebrant, K; Ofori, Jk; Di Camillo, B; Krus, U; Cilio, Cm; Hansson, O; Eliasson, L; Rosengren, Ah; Renström, E; Wollheim, Cb; Groop, L.
Analysis of whole blood transcriptome of Spinal Muscular Atrophy patients using RNA-seq
2014 A., Benguría; Finotello, Francesca; S., Callejas; R., Álvarez; F., Sánchez Cabo; DI CAMILLO, Barbara; C., Hernández Chico; A., Dopazo
Colonic microbiota and gene methylation in colonic carcinogenesis
2014 Scarpa, M.; Barzon, Luisa; Costanzi, G.; Lavezzo, Enrico; Finotello, Francesca; Erroi, F.; Dallagnese, L.; Basato, S.; Brun, Paola; Toppo, S.; DI CAMILLO, Barbara; Castoro, C.; Castagliuolo, I.
Reverse engineering the human microbiota
2014 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; DI CAMILLO, Barbara
Benchmarking RNA-seq mapping strategies for paired-end reads
2014 Baruzzo, Giacomo; Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Agenese, Serafini; Provvedi, Roberta; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; Manganelli, Riccardo; DI CAMILLO, Barbara
FunPat: a function-based pattern analysis pipeline for RNA-seq time-series data.
2014 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Modelling differences and interactions in the human microbiota
2014 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Zandonà, A.; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; DI CAMILLO, Barbara
FunPat: a function-based pattern analysis framework for RNA-seq time-series data.
2014 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Reducing bias in RNA sequencing data: a novel approach to compute counts
2014 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Luca, Bianco; Barzon, Luisa; Mazzon, PAOLO EMILIO; Paolo, Fontana; Toppo, Stefano; DI CAMILLO, Barbara
Genomic comparative analysis and gene function prediction in infectious diseases: application to the investigation of a meningitis outbreak
2013 Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Franchin, Elisa; DI CAMILLO, Barbara; Finotello, Francesca; Falda, Marco; Manganelli, Riccardo; Palu', Giorgio; Barzon, Luisa
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