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A mitochondrial NADPH-cholesterol axis regulates extracellular vesicle biogenesis to support hematopoietic stem cell fate
2024 Bonora, Massimo; Morganti, Claudia; van Gastel, Nick; Ito, Kyoko; Calura, Enrica; Zanolla, Ilaria; Ferroni, Letizia; Zhang, Yang; Jung, Yookyung; Sales, Gabriele; Martini, Paolo; Nakamura, Takahisa; Lasorsa, Francesco Massimo; Finkel, Toren; Lin, Charles P; Zavan, Barbara; Pinton, Paolo; Georgakoudi, Irene; Romualdi, Chiara; Scadden, David T; Ito, Keisuke
Genome-wide profiling of patient-derived glioblastoma stem-like cells reveals recurrent genetic and transcriptomic signatures associated with brain tumors
2023 Lazzarini, E.; Silvestris, D. A.; Benvenuto, G.; Osti, D.; Fattore, L.; Paterra, R.; Finocchiaro, G.; Malatesta, P.; Daga, A.; Gallotti, A. L.; Galli, R.; Pelicci, G.; Tesei, A.; Bedeschi, M.; Pallini, R.; Pasqualini, L.; Romualdi, C.; Gallo, A.; Ricci-Vitiani, L.; Indraccolo, S.
benchdamic: benchmarking of differential abundance methods for microbiome data
2023 Calgaro, Matteo; Romualdi, Chiara; Risso, Davide; Vitulo, Nicola
A comprehensive investigation of histotype-specific microRNA and their variants in Stage I epithelial ovarian cancers
2023 Velle, A.; Pesenti, C.; Grassi, T.; Beltrame, L.; Martini, P.; Jaconi, M.; Agostinis, F.; Calura, E.; Katsaros, D.; Borella, F.; Fruscio, R.; D'Incalci, M.; Marchini, S.; Romualdi, C.
Transglutaminase Type 2-MITF axis regulates phenotype switching in skin cutaneous melanoma
2023 Muccioli, Silvia; Brillo, Valentina; Varanita, Tatiana; Rossin, Federica; Zaltron, Elisabetta; Velle, Angelo; Alessio, Giorgia; Angi, Beatrice; Severin, Filippo; Tosi, Anna; D'Eletto, Manuela; Occhigrossi, Luca; Falasca, Laura; Checchetto, Vanessa; Ciaccio, Roberto; Fascì, Amelia; Chieregato, Leonardo; Rebelo, Ana Paula; Giacomello, Marta; Rosato, Antonio; Szabò, Ildikò; Romualdi, Chiara; Piacentini, Mauro; Leanza, Luigi
A pan-cancer landscape of pathogenic somatic copy number variations
2023 Becchi, Tommaso; Beltrame, Luca; Mannarino, Laura; Calura, Enrica; Marchini, Sergio; Romualdi, Chiara
Defective excitation-contraction coupling and mitochondrial respiration precede mitochondrial Ca2+ accumulation in spinobulbar muscular atrophy skeletal muscle
2023 Marchioretti, Caterina; Zanetti, Giulia; Pirazzini, Marco; Gherardi, Gaia; Nogara, Leonardo; Andreotti, Roberta; Martini, Paolo; Marcucci, Lorenzo; Canato, Marta; R Nath, Samir; Zuccaro, Emanuela; Chivet, Mathilde; Mammucari, Cristina; Pacifici, Marco; Raffaello, Anna; Rizzuto, Rosario; Mattarei, Andrea; Desbats, MARIA ANDREA; Salviati, Leonardo; Megighian, Aram; Sorarù, Gianni; Pegoraro, Elena; Belluzzi, Elisa; Pozzuoli, Assunta; Biz, Carlo; Ruggieri, Pietro; Romualdi, Chiara; P Lieberman, Andrew; J Babu, Gopal; Sandri, Marco; Blaauw, Bert; Basso, Manuela; Pennuto, Maria
Copy number alterations in stage I epithelial ovarian cancer highlight three genomic patterns associated with prognosis
2022 Pesenti, C.; Beltrame, L.; Velle, A.; Fruscio, R.; Jaconi, M.; Borella, F.; Cribiu, F. M.; Calura, E.; Venturini, L. V.; Lenoci, D.; Agostinis, F.; Katsaros, D.; Panini, N.; Bianchi, T.; Landoni, F.; Miozzo, M.; D'Incalci, M.; Brenton, J. D.; Romualdi, C.; Marchini, S.
NewWave: a scalable R/Bioconductor package for the dimensionality reduction and batch effect removal of single-cell RNA-seq data
2022 Agostinis, Federico; Romualdi, Chiara; Sales, Gabriele; Risso, Davide
PsiNorm: a scalable normalization for single-cell RNA-seq data
2022 Borella, Matteo; Martello, Graziano; Risso, Davide; Romualdi, Chiara
Heart transcriptome profile of a novel transgenic mouse model for arrhythmogenic cardiomyopathy
2022 Calore, Martina; Compagno, Sofia; Vencato, Sara; Colpaert, Robin; Sacchetto, Claudia; Lorenzon, Alessandra; Becchi, Tommaso; Romualdi, Chiara; J de Windt, Leon; Braghetta, Paola; Vitiello, Libero; Rampazzo, Alessandra
BrewerIX enables allelic expression analysis of imprinted and X-linked genes from bulk and single-cell transcriptomes
2022 Martini, P.; Sales, G.; Diamante, L.; Perrera, V.; Colantuono, C.; Riccardo, S.; Cacchiarelli, D.; Romualdi, C.; Martello, G.
A thorough annotation of the krill transcriptome offers new insights for the study of physiological processes
2022 Urso, Ilenia; Biscontin, Alberto; Corso, Davide; Bertolucci, Cristiano; Romualdi, Chiara; De Pittà, Cristiano; Meyer, Bettina; Sales, Gabriele
Detecting differentially expressed circular RNAs from multiple quantification methods using a generalized linear mixed model
2022 Buratin, Alessia; Romualdi, Chiara; Bortoluzzi, Stefania; Gaffo, Enrico
Zebrafish Mutant Lines Reveal the Interplay between nr3c1 and nr3c2 in the GC-Dependent Regulation of Gene Transcription
2022 Dinarello, A.; Tesoriere, A.; Martini, P.; Fontana, C. M.; Volpato, D.; Badenetti, L.; Terrin, F.; Facchinello, N.; Romualdi, C.; Carnevali, O.; Dalla Valle, L.; Argenton, F.
miRNA bioinformatics and pathway analysis
2022 Calura, E.; Romualdi, C.
Hydrogen peroxide induced by nerve injury promotes axon regeneration via connective tissue growth factor
2022 Negro, S.; Lauria, F.; Stazi, M.; Tebaldi, T.; D'Este, G.; Pirazzini, M.; Megighian, A.; Lessi, F.; Mazzanti, C. M.; Sales, G.; Romualdi, C.; Fillo, S.; Lista, F.; Sleigh, J. N.; Tosolini, A. P.; Schiavo, G.; Viero, G.; Rigoni, M.
MyoData: An expression knowledgebase at single cell/nucleus level for the discovery of coding-noncoding RNA functional interactions in skeletal muscle
2021 Corso, Davide; Chemello, Francesco; Alessio, Enrico; Urso, Ilenia; Ferrarese, Giulia; Bazzega, Martina; Romualdi, Chiara; Lanfranchi, Gerolamo; Sales, Gabriele; Cagnin, Stefano
Circulating miR-185-5p as a Potential Biomarker for Arrhythmogenic Right Ventricular Cardiomyopathy
2021 Sacchetto, Claudia; Mohseni, Zenab; Colpaert, Robin M. W.; Vitiello, Libero; De Bortoli, Marzia; Vonhögen, Indira G. C.; Xiao, Ke; Poloni, Giulia; Lorenzon, Alessandra; Romualdi, Chiara; Bariani, Riccardo; Mazzotti, Elisa; Daliento, Luciano; Bauce, Barbara; Corrado, Domenico; Thum, Thomas; Rampazzo, Alessandra; de Windt, Leon J.; Calore, Martina
A novel prognostic score to assess the risk of progression in relapsing−remitting multiple sclerosis patients
2021 Pisani, A. I.; Scalfari, A.; Crescenzo, F.; Romualdi, C.; Calabrese, M.
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