L’argomento principale dell’attività di ricerca che ho svolto durante il mio periodo di Dottorando in Scienza e Tecnologia dell’Informazione è stato la rilevazione di fenomeni di interazione biologica tramite trasduttori elettrici, ovverosia lo studio di dispositivi elettronici per applicazioni biosensoristiche. Ho studiato diversi aspetti del processo di trasduzione elettrica allo scopo di ottimizzare la rilevazione delle interazioni biologiche e migliorare le caratteristiche dei biosensori, quali ad esempio la selettività e la risposta in frequenza. Ho iniziato il mio lavoro di Tesi studiando le classiche teorie delle interfacce elettrochimiche fra elettrodi metallici e campioni liquidi, ad esempio la teoria del doppio strato di Helmholtz e la dispersione in frequenza di Warburg, per approfondire i meccanismi di trasferimento di carica elettrica in ambienti eterogenei. La modellizzazione elettrica a parametri equivalenti dei dati elettrochimici sperimentali è fondamentale per giungere a una loro interpretazione attendibile: il flusso di cariche elettriche attraverso un’interfaccia elettrochimica è il risultato di numerosi contributi, ciascuno dei quali può essere modellizzato utilizzando circuiti elettrici equivalenti con specifiche impedenze. Collegando questi circuiti equivalenti secondo appropriate topologie è possibile simulare la risposta in frequenza di complesse celle elettrochimiche. Durante il mio periodo di Tesi ho continuato a sviluppare il sistema di simulazione che avevo iniziato a implementare durante il mio periodo di Tesi di Laurea Specialistica: con questo sistema è possibile simulare la risposta elettrica di un sistema elettrodo/elettrolita utilizzando un metodo a elementi pseudo-distribuiti, cioè un’interconnessione finita di circuiti elettrici equivalenti locali la cui topologia viene determinata a partire dalla mesh della geometria della cella elettrochimica. Ciascun circuito elettrico locale può essere formato da diversi elementi elettrici, sia attivi che passivi, con una propria topologia. Il valore di ciascun elemento elettrico locale è determinato con funzioni matematiche ricavate da misure elettrochimiche sperimentali. Questo approccio di simulazione basato sulla mesh consente di preservare le informazioni geometriche legate alla forma degli elettrodi e della cella elettrochimica, che risultano particolarmente importanti quando è necessario simulare elettrodi in flusso oppure biosensori con componenti microfluidiche. Le simulazioni e le tecniche di modellizzazione elettrica risultano importanti anche qualora sia necessario progettare il layout di un biosensore. Durante la mia attività di Dottorato ho utilizzato sia biosensori disponibili commercialmente che dispositivi custom: in entrambi i casi, l’interpretazione dei dati sperimentali ottenuti da biosensori con layout differenti è stata eseguite con tecniche di modellizzazione elettrica equivalente, al fine di valutare la distribuzione del campo elettromagnetico fra gli elettrodi e l’influenza degli elementi parassiti del sistema di misura e del dispositivo, quali ad esempio le capacità di cross-talk e le impedenze elettriche dei contatti elettrici. Durante il mio periodo di Dottorato ho contribuito a sviluppare, in collaborazione con lo spin off dell’Università di Padova Next Step Engineering, un innovativo processo di produzione industriale che consente di creare dispositivi ibridi microelettronici/microfluidici idonei ad applicazioni biologiche all’interno di una singola linea produttiva automatizzata. Con questo processo ho prodotto i dispositivi custom che ho utilizzato per la mia attività sperimentale. Il processo di produzione è oggetto di un brevetto italiano attualmente in fase di deposito, di cui sono uno degli inventori, che ho scritto e sottomesso durante i sei mesi di proroga della discussione finale della Tesi che ho richiesto. La possibilità di utilizzare i biosensori elettrochimici custom per applicazioni biomediche e biologiche è stata verificata utilizzando misurazioni di spettroscopia di impedenza elettrochimica, tecniche voltammetriche e amperometriche: le curve di calibrazione dei vari dispositivi sono state ottenute utilizzando elettroliti standard per le varie applicazioni, cioè soluzioni con conducibilità elettrica e potenziali ossido-riduttivi noti, e l’influenza di interferenti in soluzione è stata valutata misurando matrici più complesse composte da vari elettroliti con sostanze disciolte. Le applicazioni biologiche dei biosensori custom sono state sviluppate in collaborazione con altri Dipartimenti dell’Università degli Studi di Padova e con centri di ricerca: • un biosensore per il monitoraggio dell’ibridazione di sequenze di DNA è stato sviluppato in collaborazione con l’Ospedale San Bortolo (Vicenza, Italia); • un biosensore enzimatico per la rilevazione di acido lattico è stato studiato in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biomediche (Università di Padova, Italia) e con il Dipartimento di Scienze Anatomiche e Istologiche (Università Sapienza, Roma, Italia); • un biosensore per monitorare la crescita cellulare e studiare il fenomeno di elettropermeabilizzazione della membrana cellulare è stato sviluppato in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biomediche (Università di Padova, Italia). Nell’ultimo periodo della mia attività di Dottorato ho studiato un’altra applicazione della trasduzione elettrica di segnali biometrici. In collaborazione con lo spin off dell’Università di Padova Wetware Concepts e con il Dr. Marco Quarta dell’Università di Stanford, ho contribuito a sviluppare un prototipo di guanto sensorizzato per la trasduzione elettrica della forza esercitata da mani umane. Questo prototipo permette di monitorare il processo di riabilitazione funzionale di pazienti con deficit sia lievi che severi, permettendo la valutazione quantitativa dell’efficacia dei protocolli di riabilitazione. Inoltre, ho contribuito a sviluppare ulteriormente il prototipo, in collaborazione con l’I.R.C.C.S. Ospedale San Camillo (Venezia, Italia) e con l’Ospedale San Bortolo (Vicenza, Italia), in un sistema basato su biofeedback in grado di misurare la forza esercitata da un paziente e di correlarla con dati provenienti da altri strumenti medici, quali elettroencefalografi ed elettromiografi.

Electrical modeling and experimental studies of sensing systems for biological and biomedical applications

SCARAMUZZA, MATTEO
2014

Abstract

L’argomento principale dell’attività di ricerca che ho svolto durante il mio periodo di Dottorando in Scienza e Tecnologia dell’Informazione è stato la rilevazione di fenomeni di interazione biologica tramite trasduttori elettrici, ovverosia lo studio di dispositivi elettronici per applicazioni biosensoristiche. Ho studiato diversi aspetti del processo di trasduzione elettrica allo scopo di ottimizzare la rilevazione delle interazioni biologiche e migliorare le caratteristiche dei biosensori, quali ad esempio la selettività e la risposta in frequenza. Ho iniziato il mio lavoro di Tesi studiando le classiche teorie delle interfacce elettrochimiche fra elettrodi metallici e campioni liquidi, ad esempio la teoria del doppio strato di Helmholtz e la dispersione in frequenza di Warburg, per approfondire i meccanismi di trasferimento di carica elettrica in ambienti eterogenei. La modellizzazione elettrica a parametri equivalenti dei dati elettrochimici sperimentali è fondamentale per giungere a una loro interpretazione attendibile: il flusso di cariche elettriche attraverso un’interfaccia elettrochimica è il risultato di numerosi contributi, ciascuno dei quali può essere modellizzato utilizzando circuiti elettrici equivalenti con specifiche impedenze. Collegando questi circuiti equivalenti secondo appropriate topologie è possibile simulare la risposta in frequenza di complesse celle elettrochimiche. Durante il mio periodo di Tesi ho continuato a sviluppare il sistema di simulazione che avevo iniziato a implementare durante il mio periodo di Tesi di Laurea Specialistica: con questo sistema è possibile simulare la risposta elettrica di un sistema elettrodo/elettrolita utilizzando un metodo a elementi pseudo-distribuiti, cioè un’interconnessione finita di circuiti elettrici equivalenti locali la cui topologia viene determinata a partire dalla mesh della geometria della cella elettrochimica. Ciascun circuito elettrico locale può essere formato da diversi elementi elettrici, sia attivi che passivi, con una propria topologia. Il valore di ciascun elemento elettrico locale è determinato con funzioni matematiche ricavate da misure elettrochimiche sperimentali. Questo approccio di simulazione basato sulla mesh consente di preservare le informazioni geometriche legate alla forma degli elettrodi e della cella elettrochimica, che risultano particolarmente importanti quando è necessario simulare elettrodi in flusso oppure biosensori con componenti microfluidiche. Le simulazioni e le tecniche di modellizzazione elettrica risultano importanti anche qualora sia necessario progettare il layout di un biosensore. Durante la mia attività di Dottorato ho utilizzato sia biosensori disponibili commercialmente che dispositivi custom: in entrambi i casi, l’interpretazione dei dati sperimentali ottenuti da biosensori con layout differenti è stata eseguite con tecniche di modellizzazione elettrica equivalente, al fine di valutare la distribuzione del campo elettromagnetico fra gli elettrodi e l’influenza degli elementi parassiti del sistema di misura e del dispositivo, quali ad esempio le capacità di cross-talk e le impedenze elettriche dei contatti elettrici. Durante il mio periodo di Dottorato ho contribuito a sviluppare, in collaborazione con lo spin off dell’Università di Padova Next Step Engineering, un innovativo processo di produzione industriale che consente di creare dispositivi ibridi microelettronici/microfluidici idonei ad applicazioni biologiche all’interno di una singola linea produttiva automatizzata. Con questo processo ho prodotto i dispositivi custom che ho utilizzato per la mia attività sperimentale. Il processo di produzione è oggetto di un brevetto italiano attualmente in fase di deposito, di cui sono uno degli inventori, che ho scritto e sottomesso durante i sei mesi di proroga della discussione finale della Tesi che ho richiesto. La possibilità di utilizzare i biosensori elettrochimici custom per applicazioni biomediche e biologiche è stata verificata utilizzando misurazioni di spettroscopia di impedenza elettrochimica, tecniche voltammetriche e amperometriche: le curve di calibrazione dei vari dispositivi sono state ottenute utilizzando elettroliti standard per le varie applicazioni, cioè soluzioni con conducibilità elettrica e potenziali ossido-riduttivi noti, e l’influenza di interferenti in soluzione è stata valutata misurando matrici più complesse composte da vari elettroliti con sostanze disciolte. Le applicazioni biologiche dei biosensori custom sono state sviluppate in collaborazione con altri Dipartimenti dell’Università degli Studi di Padova e con centri di ricerca: • un biosensore per il monitoraggio dell’ibridazione di sequenze di DNA è stato sviluppato in collaborazione con l’Ospedale San Bortolo (Vicenza, Italia); • un biosensore enzimatico per la rilevazione di acido lattico è stato studiato in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biomediche (Università di Padova, Italia) e con il Dipartimento di Scienze Anatomiche e Istologiche (Università Sapienza, Roma, Italia); • un biosensore per monitorare la crescita cellulare e studiare il fenomeno di elettropermeabilizzazione della membrana cellulare è stato sviluppato in collaborazione con il Dipartimento di Scienze Biomediche (Università di Padova, Italia). Nell’ultimo periodo della mia attività di Dottorato ho studiato un’altra applicazione della trasduzione elettrica di segnali biometrici. In collaborazione con lo spin off dell’Università di Padova Wetware Concepts e con il Dr. Marco Quarta dell’Università di Stanford, ho contribuito a sviluppare un prototipo di guanto sensorizzato per la trasduzione elettrica della forza esercitata da mani umane. Questo prototipo permette di monitorare il processo di riabilitazione funzionale di pazienti con deficit sia lievi che severi, permettendo la valutazione quantitativa dell’efficacia dei protocolli di riabilitazione. Inoltre, ho contribuito a sviluppare ulteriormente il prototipo, in collaborazione con l’I.R.C.C.S. Ospedale San Camillo (Venezia, Italia) e con l’Ospedale San Bortolo (Vicenza, Italia), in un sistema basato su biofeedback in grado di misurare la forza esercitata da un paziente e di correlarla con dati provenienti da altri strumenti medici, quali elettroencefalografi ed elettromiografi.
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