Learning and applying research skills in order to transfer them in different clinical settings: prospective cohort studies to build research capacity

The research work here presented was conducted with the aim of developing and transferring the skills and methodologies required to promote and enhance operational research capacity in differently resourced health care settings. The program has been built on three different intertwining components: first, theoretical learning of research methods, with focus on epidemiology and biostatistics; then the application of acquired skills to develop and conduct independent original research in collaboration with international research groups and finally, transferring the research skills either in coordinating and preparing a multicenter study in a resourced-limited setting or in analyzing, reviewing and editing works of other researchers. The present thesis includes a summary of the competencies acquired at university of Padova and at the Harvard School of Public Health, reports the original research carried out by the candidate during the program and outlines the research activities in which the candidate was involved as coordinator and collaborator, The three original research works were cohort studies (prospective or retrospective) on infectious disease epidemiology or progression (HIV and gastroenteritis). The first and main original research work was a survival study realized on a multicenter cohort of HIV patients in a low-middle income country (Thailand) with an international research group. This prospective cohort’s objective was to estimate survival at 5 years for patients with HIV treated with antiretroviral treatment (ART) and to identify the risk factors for mortality occurring immediately after starting ART (early mortality, defined as <6 months) and later during follow-up (long-term mortality, defined as >6 months). The rationale was that in resource limited settings, while early mortality is known to be high and caused by advanced disease status at the time of treatment initiation, much less is known on magnitude and predictors of long-term mortality in these settings. The candidate was involved in data collection, and was responsible for planning the study and its analysis, analyzing the data, interpreting the results and composing the corresponding paper and poster. The second work was the analysis of a multicenter prospective cohort of HIV patients in Canada. The aim of the study was to identify which variables known at baseline could predict the occurrence of end stage liver disease in patients with HIV/HCV co-infection. The candidate planned the study and its analysis, analyzed the data, interpreted the results and along with co-authors, wrote the corresponding publications . The third work was a retrospective cohort study, aimed to describe the epidemiology and management of a common infectious disease (acute gastroenteritis) at ambulatory facilities in Italy. The role of the candidate was to interpret and discuss results, as well as organize and collaboratively write the final paper. Finally, during this program, the candidate was involved in skill transferring activities: specific aspects of research (for example literature review) for teachers and formal training on epidemiology for medical students in an university in resource limited settings, site investigator and coordinator of a multicenter study on HIV prevention in resources limited settings; collaborating in results interpretation and paper writing with units in a tertiary level hospital (Padova University). In conclusion, in these years of doctoral training, the candidate acquired specific and technical competencies in research methodology, focusing on conducting and planning operational research in differently resourced settings in which medical care is provided. She further demonstrated how effectively her skills could be applied in various research environments, leading to the production of works either published, presented in international conferences or under review for publication. Finally, her skills were transferred to support the inception of new studies, leading to an enhanced research capacity in necessitous environments.

Apprendimento ed applicazione di metodologia della ricerca per trasferirla in diverse realtà cliniche: pianificazione, esecuzione ed analisi di studi osservazionali prospettici per costruire capacità di ricerca Il lavoro di ricerca qui presentato è stato condotto con lo scopo d apprendere, applicare e trasferire abilità e metodologia necessarie per promuovere e potenziare la ricerca operativa in realtà sanitarie a diverso livello di risorse disponibili. Il programma è costituito dall’intreccio di tre diverse componenti : la prima è l’apprendimento teorico di nozioni di metodologia della ricerca, con particolare enfasi in epidemiologia e biostatistica; la seconda l’applicazione delle capacità acquisite nello sviluppare e condurre ricerca originale, collaborando con gruppi internazionali; la terza trasferire le capacità acquisite nel coordinare e predisporre uno studio multicentrico in un paese a risorse limitate, e nel supportare tramite analisi, revisione o edizione del lavoro di ricerca, altri ricercatori. Questa tesi presenta un sommario di quanto appreso all’inizio del dottorato nell’Università di Padova e nella Harvard University (Boston, USA); riporta gli studi originali che sono stati fatti dal candidato durante il programma di studio, ed elenca le attività di ricerca nelle quali il candidato è stato coinvolto come coordinatore o collaboratore. Gli studi principali, usati per consolidare particolari aspetti della metodologia, ritenuti uliti per esportare in ambienti diversi, sono stati studi di coorte (prospettici e retrospettivi), su epidemiologia o risposta alla terapia o progressione clinica delle malattie infettive (in particolare HIV e gastroenteriti). Il lavoro di ricerca presentato per primo, ed il principale, è uno studio multicentrico di coorte, sulla sopravvivenza di pazienti con HIV, in un paese a basso-medio livello economico (la Tailandia) realizzato in collaborazione con un gruppo internazionale di ricerca. L’obiettivo d questa coorte prospettica ere quello di stimare la sopravvivenza a 5 anni di pazienti con HIV che iniziavano la terapia antiretrovirale e di identificare i fattori di rischio per mortalità dei primi 6 mesi (mortalità “precoce”) e nei mesi successivi al 6° e fino a 5 anni (mortalità “a lungo termine”). Il razionale è che nei paesi in via di sviluppo, benché si sappia che la mortalità precoce è alta e dovuta ad uno stadio avanzato della malattia nel momento in cui si inizia la cura, sono meno note le dimensioni e rischi della mortalità a lungo termine, che avviene durante gli anni di trattamento. Il candidato è stato coinvolto in raccolta ei dati, e responsabile per pianificazione delle studio e dell’ analisi, esecuzione dell’analisi, interpretazione dei risultati e scrittura dell’articolo e poster. Il secondo lavoro è stato uno studio prospettico su una coorte multicentrica di pazienti con duplice infezione, da HIV e HCV, in Canada. Scopo dello studio per identificare le variabili conosciute all’arruolamento nella coorte e che possono predire il verificarsi di malattia epatica terminale in pazienti coinfetti da HIV e HCV. In questo caso il candidato ha pianificato lo studio e l’analisi, condotto l’analisi, interpretato i risultati e scritto la pubblicazione corrispondente, assieme con i coautori. Il terzo lavoro è stato uno studio osservazionale retrospettivo, per descrivere epidemiologia e gestione ambulatoriale della gastroenterite acuta nella popolazione pediatrica. Per questo lavoro il contributo del candidato è stato di interpretare e discutere i risultati ed organizzare, coordinare e scrivere l’articolo. Infine, durante questo dottorato, il candidato è stato coinvolto in alcune attività di ricerca che hanno permesso di iniziare a trasferire le competenze apprese. Esempi sono un worskshop su come fare ricerca sistematica della letteratura esistente per gli insegnanti della facoltà di scienze mediche e corsi di epidemiologia per studenti della stessa, in un paese a baso reddito. Oppure aver iniziato e coordinato uno studio multicentrico sulla prevenzione di HIV nella stessa università; o aver collaborato a revisione di protocolli o interpretazione di risultati e scrittura di articoli con ricercatori dell’Università di Padova. Concludendo, negli anni del programma di dottorato, il candidato ha acquisito competenze specifiche e tecniche in metodologia della ricerca, in particolare su come pianificare e condurre ricerca operativa in realtà atte a svolgere un servizio sanitario, a diversa disponibilità di risorse. Ha inoltre dimostrato come le sue capacità possano essere messe al servizio di diversi ambienti di ricerca , arrivando alla produzione di lavori pubblicati o in pubblicazione, e a presentazioni a conferenze internazionali. Non ultimo le sue capacità sono state utilizzate per promuovere una mentalità della ricerca ed iniziare nuovi studi, aumentando la capacità di conoscere e produrre ricerca in ambienti con queste necessità.