The landscape of viral associations in human cancers

Zapatka, M.; Borozan, I.; Brewer, D. S.; Iskar, M.; Grundhoff, A.; Alawi, M.; Desai, N.; Sultmann, H.; Moch, H.; Alawi, M.; Borozan, I.; Cooper, C. S.; Desai, N.; Eils, R.; Ferretti, V.; Grundhoff, A.; Iskar, M.; Kleinheinz, K.; Lichter, P.; Nakagawa, H.; Ojesina, A. I.; Pedamallu, C. S.; Schlesner, M.; Su, X.; Zapatka, M.; Cooper, C. S.; Eils, R.; Ferretti, V.; Lichter, P.; Aaltonen, L. A.; Abascal, F.; Abeshouse, A.; Aburatani, H.; Adams, D. J.; Agrawal, N.; Ahn, K. S.; Ahn, S. -M.; Aikata, H.; Akbani, R.; Akdemir, K. C.; Al-Ahmadie, H.; Al-Sedairy, S. T.; Al-Shahrour, F.; Alawi, M.; Albert, M.; Aldape, K.; Alexandrov, L. B.; Ally, A.; Alsop, K.; Alvarez, E. G.; Amary, F.; Amin, S. B.; Aminou, B.; Ammerpohl, O.; Anderson, M. J.; Ang, Y.; Antonello, D.; Anur, P.; Aparicio, S.; Appelbaum, E. L.; Arai, Y.; Aretz, A.; Arihiro, K.; Ariizumi, S. -I.; Armenia, J.; Arnould, L.; Asa, S.; Assenov, Y.; Atwal, G.; Aukema, S.; Auman, J. T.; Aure, M. R. R.; Awadalla, P.; Aymerich, M.; Bader, G. D.; Baez-Ortega, A.; Bailey, M. H.; Bailey, P. J.; Balasundaram, M.; Balu, S.; Bandopadhayay, P.; Banks, R. E.; Barbi, S.; Barbour, A. P.; Barenboim, J.; Barnholtz-Sloan, J.; Barr, H.; Barrera, E.; Bartlett, J.; Bartolome, J.; Bassi, C.; Bathe, O. F.; Baumhoer, D.; Bavi, P.; Baylin, S. B.; Bazant, W.; Beardsmore, D.; Beck, T. A.; Behjati, S.; Behren, A.; Niu, B.; Bell, C.; Beltran, S.; Benz, C.; Berchuck, A.; Bergmann, A. K.; Bergstrom, E. N.; Berman, B. P.; Berney, D. M.; Bernhart, S. H.; Beroukhim, R.; Berrios, M.; Bersani, S.; Bertl, J.; Betancourt, M.; Bhandari, V.; Bhosle, S. G.; Biankin, A. V.; Bieg, M.; Bigner, D.; Binder, H.; Birney, E.; Birrer, M.; Biswas, N. K.; Bjerkehagen, B.; Bodenheimer, T.; Boice, L.; Bonizzato, G.; De Bono, J. S.; Boot, A.; Bootwalla, M. S.; Borg, A.; Borkhardt, A.; Boroevich, K. A.; Borozan, I.; Borst, C.; Bosenberg, M.; Bosio, M.; Boultwood, J.; Bourque, G.; Boutros, P. C.; Bova, G. S.; Bowen, D. T.; Bowlby, R.; Bowtell, D. D. L.; Boyault, S.; Boyce, R.; Boyd, J.; Brazma, A.; Brennan, P.; Brinkman, A. B.; Bristow, R. G.; Broaddus, R. R.; Brock, J. E.; Brock, M.; Broeks, A.; Brooks, A. N.; Brooks, D.; Brors, B.; Brunak, S.; Bruxner, T. J. C.; Bruzos, A. L.; Buchanan, A.; Buchhalter, I.; Buchholz, C.; Bullman, S.; Burke, H.; Burkhardt, B.; Burns, K. H.; Busanovich, J.; Bustamante, C. D.; Butler, A. P.; Butte, A. J.; Byrne, N. J.; Borresen-Dale, A. -L.; Caesar-Johnson, S. J.; Cafferkey, A.; Cahill, D.; Calabrese, C.; Caldas, C.; Calvo, F.; Camacho, N.; Campbell, P. J.; Campo, E.; Cantu, C.; Cao, S.; Carey, T. E.; Carlevaro-Fita, J.; Carlsen, R.; Cataldo, I.; Cazzola, M.; Cebon, J.; Cerfolio, R.; Chadwick, D. E.; Chakravarty, D.; Chalmers, D.; Chan, C. W. Y.; Chan, K.; Chan-Seng-Yue, M.; Chandan, V. S.; Chang, D. K.; Chanock, S. J.; Chantrill, L. A.; Chateigner, A.; Chatterjee, N.; Chayama, K.; Chen, H. -W.; Chen, J.; Chen, K.; Chen, Y.; Chen, Z.; Cherniack, A. D.; Chien, J.; Chiew, Y. -E.; Chin, S. -F.; Cho, J.; Cho, S.; Choi, J. K.; Choi, W.; Chomienne, C.; Chong, Z.; Choo, S. P.; Chou, A.; Christ, A. N.; Christie, E. L.; Chuah, E.; Cibulskis, C.; Cibulskis, K.; Cingarlini, S.; Clapham, P.; Claviez, A.; Cleary, S.; Cloonan, N.; Cmero, M.; Collins, C. C.; Connor, A. A.; Cooke, S. L.; Cooper, C. S.; Cope, L.; Corbo, V.; Cordes, M. G.; Cordner, S. M.; Cortes-Ciriano, I.; Covington, K.; Cowin, P. A.; Craft, B.; Craft, D.; Creighton, C. J.; Cun, Y.; Curley, E.; Cutcutache, I.; Czajka, K.; Czerniak, B.; Dagg, R. A.; Danilova, L.; Davi, M. V.; Davidson, N. R.; Davies, H.; Davis, I. J.; Davis-Dusenbery, B. N.; Dawson, K. J.; De La Vega, F. M.; De Paoli-Iseppi, R.; Defreitas, T.; Tos, A. P. D.; Delaneau, O.; Demchok, J. A.; Demeulemeester, J.; Demidov, G. M.; Demircioglu, D.; Dennis, N. M.; Denroche, R. E.; Dentro, S. C.; Desai, N.; Deshpande, V.; Deshwar, A. G.; Desmedt, C.; Deu-Pons, J.; Dhalla, N.; Dhani, N. C.; Dhingra, P.; Dhir, R.; Dibiase, A.; Diamanti, K.; Ding, L.; Ding, S.; Dinh, H. Q.; Dirix, L.; Doddapaneni, H. V.; Donmez, N.; Dow, M. T.; Drapkin, R.; Drechsel, O.; Drews, R. M.; Serge, S.; Dudderidge, T.; Dueso-Barroso, A.; Dunford, A. J.; Dunn, M.; Dursi, L. J.; Duthie, F. R.; Dutton-Regester, K.; Eagles, J.; Easton, D. F.; Edmonds, S.; Edwards, P. A.; Edwards, S. E.; Eeles, R. A.; Ehinger, A.; Eils, J.; Eils, R.; El-Naggar, A.; Eldridge, M.; Ellrott, K.; Erkek, S.; Escaramis, G.; Espiritu, S. M. G.; Estivill, X.; Etemadmoghadam, D.; Eyfjord, J. E.; Faltas, B. M.; Fan, D.; Fan, Y.; Faquin, W. C.; Farcas, C.; Fassan, M.; Fatima, A.; Favero, F.; Fayzullaev, N.; Felau, I.; Fereday, S.; Ferguson, M. L.; Ferretti, V.; Feuerbach, L.; Field, M. A.; Fink, J. L.; Finocchiaro, G.; Fisher, C.; Fittall, M. W.; Fitzgerald, A.; Fitzgerald, R. C.; Flanagan, A. M.; Fleshner, N. E.; Flicek, P.; Foekens, J. A.; Fong, K. M.; Fonseca, N. A.; Foster, C. S.; Fox, N. S.; Fraser, M.; Frazer, S.; Frenkel-Morgenstern, M.; Friedman, W.; Frigola, J.; Fronick, C. C.; Fujimoto, A.; Fujita, M.; Fukayama, M.; Fulton, L. A.; Fulton, R. S.; Furuta, M.; Futreal, P. A.; Fullgrabe, A.; Gabriel, S. B.; Gallinger, S.; Gambacorti-Passerini, C.; Gao, J.; Gao, S.; Garraway, L.; Garred, O.; Garrison, E.; Garsed, D. W.; Gehlenborg, N.; Gelpi, J. L. L.; George, J.; Gerhard, D. S.; Gerhauser, C.; Gershenwald, J. E.; Gerstein, M.; Gerstung, M.; Getz, G.; Ghori, M.; Ghossein, R.; Giama, N. H.; Gibbs, R. A.; Gibson, B.; Gill, A. J.; Gill, P.; Giri, D. D.; Glodzik, D.; Gnanapragasam, V. J.; Goebler, M. E.; Goldman, M. J.; Gomez, C.; Gonzalez, S.; Gonzalez-Perez, A.; Gordenin, D. A.; Gossage, J.; Gotoh, K.; Govindan, R.; Grabau, D.; Graham, J. S.; Grant, R. C.; Green, A. R.; Green, E.; Greger, L.; Grehan, N.; Grimaldi, S.; Grimmond, S. M.; Grossman, R. L.; Grundhoff, A.; Gundem, G.; Guo, Q.; Gupta, M.; Gupta, S.; Gut, I. G.; Gut, M.; Goke, J.; Ha, G.; Haake, A.; Haan, D.; Haas, S.; Haase, K.; Haber, J. E.; Habermann, N.; Hach, F.; Haider, S.; Hama, N.; Hamdy, F. C.; Hamilton, A.; Hamilton, M. P.; Han, L.; Hanna, G. B.; Hansmann, M.; Haradhvala, N. J.; Harismendy, O.; Harliwong, I.; Harmanci, A. O.; Harrington, E.; Hasegawa, T.; Haussler, D.; Hawkins, S.; Hayami, S.; Hayashi, S.; Hayes, D. N.; Hayes, S. J.; Hayward, N. K.; Hazell, S.; He, Y.; Heath, A. P.; Heath, S. C.; Hedley, D.; Hegde, A. M.; Heiman, D. I.; Heinold, M. C.; Heins, Z.; Heisler, L. E.; Hellstrom-Lindberg, E.; Helmy, M.; Heo, S. G.; Hepperla, A. J.; Heredia-Genestar, J. M.; Herrmann, C.; Hersey, P.; Hess, J. M.; Hilmarsdottir, H.; Hinton, J.; Hirano, S.; Hiraoka, N.; Hoadley, K. A.; Hobolth, A.; Hodzic, E.; Hoell, J. I.; Hoffmann, S.; Hofmann, O.; Holbrook, A.; Holik, A. Z.; Hollingsworth, M. A.; Holmes, O.; Holt, R. A.; Hong, C.; Hong, E. P.; Hong, J. H.; Hooijer, G. K.; Hornshoj, H.; Hosoda, F.; Hou, Y.; Hovestadt, V.; Howat, W.; Hoyle, A. P.; Hruban, R. H.; Hu, J.; Hu, T.; Hua, X.; Huang, K. -L.; Huang, M.; Huang, M. N.; Huang, V.; Huang, Y.; Huber, W.; Hudson, T. J.; Hummel, M.; Hung, J. A.; Huntsman, D.; Hupp, T. R.; Huse, J.; Huska, M. R.; Hutter, B.; Hutter, C. M.; Hubschmann, D.; Iacobuzio-Donahue, C. A.; Imbusch, C. D.; Imielinski, M.; Imoto, S.; Isaacs, W. B.; Isaev, K.; Ishikawa, S.; Iskar, M.; Islam, S. M. A.; Ittmann, M.; Ivkovic, S.; Izarzugaza, J. M. G.; Jacquemier, J.; Jakrot, V.; Jamieson, N. B.; Jang, G. H.; Jang, S. J.; Jayaseelan, J. C.; Jayasinghe, R.; Jefferys, S. R.; Jegalian, K.; Jennings, J. L.; Jeon, S. -H.; Jerman, L.; Ji, Y.; Jiao, W.; Johansson, P. A.; Johns, A. L.; Johns, J.; Johnson, R.; Johnson, T. A.; Jolly, C.; Joly, Y.; Jonasson, J. G.; Jones, C. D.; Jones, D. R.; Jones, D. T. W.; Jones, N.; Jones, S. J. M.; Jonkers, J.; Y. S., Ju; Juhl, H.; Jung, J.; Juul, M.; Juul, R. I.; Juul, S.; Jager, N.; Kabbe, R.; Kahles, A.; Kahraman, A.; Kaiser, V. B.; Kakavand, H.; Kalimuthu, S.; von Kalle, C.; Kang, K. J.; Karaszi, K.; Karlan, B.; Karlic, R.; Karsch, D.; Kasaian, K.; Kassahn, K. S.; Katai, H.; Kato, M.; Katoh, H.; Kawakami, Y.; Kay, J. D.; Kazakoff, S. H.; Kazanov, M. D.; Keays, M.; Kebebew, E.; Kefford, R. F.; Kellis, M.; Kench, J. G.; Kennedy, C. J.; Kerssemakers, J. N. A.; Khoo, D.; Khoo, V.; Khuntikeo, N.; Khurana, E.; Kilpinen, H.; Kim, H. K.; Kim, H. -L.; Kim, H. -Y.; Kim, H.; Kim, J.; Kim, J.; Kim, J. K.; Kim, Y.; King, T. A.; Klapper, W.; Kleinheinz, K.; Klimczak, L. J.; Knappskog, S.; Kneba, M.; Knoppers, B. M.; Koh, Y.; Komorowski, Jan; Komura, D.; Komura, M.; Kong, G.; Kool, M.; Korbel, J. O.; Korchina, V.; Korshunov, A.; Koscher, M.; Koster, R.; Kote-Jarai, Z.; Koures, A.; Kovacevic, M.; Kremeyer, B.; Kretzmer, H.; Kreuz, M.; Krishnamurthy, S.; Kube, D.; Kumar, K.; Kumar, P.; Kumar, S.; Kumar, Y.; Kundra, R.; Kubler, K.; Kuppers, R.; Lagergren, J.; Lai, P. H.; Laird, P. W.; Lakhani, S. R.; Lalansingh, C. M.; Lalonde, E.; Lamaze, F. C.; Lambert, A.; Lander, E.; Landgraf, P.; Landoni, L.; Langerod, A.; Lanzos, A.; Larsimont, D.; Larsson, E.; Lathrop, M.; Lau, L. M. S.; Lawerenz, C.; Lawlor, R. T.; Lawrence, M. S.; Lazar, A. J.; Lazic, A. M.; Le, X.; Lee, D.; Lee, D.; Lee, E. A.; Lee, H. J.; Lee, J. J. -K.; Lee, J. -Y.; Lee, J.; Lee, M. T. M.; Lee-Six, H.; Lehmann, K. -V.; Lehrach, H.; Lenze, D.; Leonard, C. R.; Leongamornlert, D. A.; Leshchiner, I.; Letourneau, L.; Letunic, I.; Levine, D. A.; Lewis, L.; Ley, T.; Li, C.; C. H., Li; H. I., Li; Li, J.; Li, L.; Li, S.; Li, S.; Li, X.; Li, X.; Li, X.; Li, Y.; Liang, H.; Liang, S. -B.; Lichter, P.; Lin, P.; Lin, Z.; Linehan, W. M.; Lingjaerde, O. C.; Liu, D.; Liu, E. M.; Liu, F. -F. F.; Liu, F.; Liu, J.; Liu, X.; Livingstone, J.; Livitz, D.; Livni, N.; Lochovsky, L.; Loeffler, M.; Long, G. V.; Lopez-Guillermo, A.; Lou, S.; Louis, D. N.; Lovat, L. B.; Lu, Y.; Y. -J., Lu; Lu, Y.; Luchini, C.; Lungu, I.; Luo, X.; Luxton, H. J.; Lynch, A. G.; Lype, L.; Lopez, C.; Lopez-Otin, C.; E. Z., Ma; Ma, Y.; Macgrogan, G.; Macrae, S.; Macintyre, G.; Madsen, T.; Maejima, K.; Mafficini, A.; Maglinte, D. T.; Maitra, A.; Majumder, P. P.; Malcovati, L.; Malikic, S.; Malleo, G.; Mann, G. J.; Mantovani-Loffler, L.; Marchal, K.; Marchegiani, G.; Mardis, E. R.; Margolin, A. A.; Marin, M. G.; Markowetz, F.; Markowski, J.; Marks, J.; Marques-Bonet, T.; Marra, M. A.; Marsden, L.; Martens, J. W. M.; Martin, S.; Martin-Subero, J. I.; Martincorena, I.; Martinez-Fundichely, A.; Maruvka, Y. E.; Mashl, R. J.; Massie, C. E.; Matthew, T. J.; Matthews, L.; Mayer, E.; Mayes, S.; Mayo, M.; Mbabaali, F.; Mccune, K.; Mcdermott, U.; Mcgillivray, P. D.; Mclellan, M. D.; Mcpherson, J. D.; Mcpherson, J. R.; Mcpherson, T. A.; Meier, S. R.; Meng, A.; Meng, S.; Menzies, A.; Merrett, N. D.; Merson, S.; Meyerson, M.; Meyerson, W.; Mieczkowski, P. A.; Mihaiescu, G. L.; Mijalkovic, S.; Mikkelsen, T.; Milella, M.; Mileshkin, L.; Miller, C. A.; Miller, D. K.; Miller, J. K.; Mills, G. B.; Milovanovic, A.; Minner, S.; Miotto, M.; Arnau, G. M.; Mirabello, L.; Mitchell, C.; Mitchell, T. J.; Miyano, S.; Miyoshi, N.; Mizuno, S.; Molnar-Gabor, F.; Moore, M. J.; Moore, R. A.; Morganella, S.; Morris, Q. D.; Morrison, C.; Mose, L. E.; Moser, C. D.; Muinos, F.; Mularoni, L.; Mungall, A. J.; Mungall, K.; Musgrove, E. A.; Mustonen, V.; Mutch, D.; Muyas, F.; Muzny, D. M.; Munoz, A.; Myers, J.; Myklebost, O.; Moller, P.; Nagae, G.; Nagrial, A. M.; Nahal-Bose, H. K.; Nakagama, H.; Nakagawa, H.; Nakamura, H.; Nakamura, T.; Nakano, K.; Nandi, T.; Nangalia, J.; Nastic, M.; Navarro, A.; Navarro, F. C. P.; Neal, D. E.; Nettekoven, G.; Newell, F.; Newhouse, S. J.; Newton, Y.; A. W. T., Ng; Ng, A.; Nicholson, J.; Nicol, D.; Nie, Y.; Nielsen, G. P.; Nielsen, M. M.; Nik-Zainal, S.; Noble, M. S.; Nones, K.; Northcott, P. A.; Notta, F.; O'Connor, B. D.; O'Donnell, P.; O'Donovan, M.; O'Meara, S.; O'Neill, B. P.; O'Neill, J. R.; Ocana, D.; Ochoa, A.; Oesper, L.; Ogden, C.; Ohdan, H.; Ohi, K.; Ohno-Machado, L.; Oien, K. A.; Ojesina, A. I.; Ojima, H.; Okusaka, T.; Omberg, L.; Ong, C. K.; Ossowski, S.; Ott, G.; Ouellette, B. F. F.; P'Ng, C.; Paczkowska, M.; Paiella, S.; Pairojkul, C.; Pajic, M.; Pan-Hammarstrom, Q.; Papaemmanuil, E.; Papatheodorou, I.; Paramasivam, N.; Park, J. W.; Park, J. -W.; Park, K.; Park, K.; Park, P. J.; Parker, J. S.; Parsons, S. L.; Pass, H.; Pasternack, D.; Pastore, A.; Patch, A. -M.; Pauporte, I.; Pea, A.; Pearson, J. V.; Pedamallu, C. S.; Pedersen, J. S.; Pederzoli, P.; Peifer, M.; Pennell, N. A.; Perou, C. M.; Perry, M. D.; Petersen, G. M.; Peto, M.; Petrelli, N.; Petryszak, R.; Pfister, S. M.; Phillips, M.; Pich, O.; Pickett, H. A.; Pihl, T. D.; Pillay, N.; Pinder, S.; Pinese, M.; Pinho, A. V.; Pitkanen, E.; Pivot, X.; Pineiro-Yanez, E.; Planko, L.; Plass, C.; Polak, P.; Pons, T.; Popescu, I.; Potapova, O.; Prasad, A.; Preston, S. R.; Prinz, M.; Pritchard, A. L.; Prokopec, S. D.; Provenzano, E.; Puente, X. S.; Puig, S.; Puiggros, M.; Pulido-Tamayo, S.; Pupo, G. M.; Purdie, C. A.; Quinn, M. C.; Rabionet, R.; Rader, J. S.; Radlwimmer, B.; Radovic, P.; Raeder, B.; Raine, K. M.; Ramakrishna, M.; Ramakrishnan, K.; Ramalingam, S.; Raphael, B. J.; Rathmell, W. K.; Rausch, T.; Reifenberger, G.; Reimand, J.; Reis-Filho, J.; Reuter, V.; Reyes-Salazar, I.; Reyna, M. A.; Reynolds, S. M.; Rheinbay, E.; Riazalhosseini, Y.; Richardson, A. L.; Richter, J.; Ringel, M.; Ringner, M.; Rino, Y.; Rippe, K.; Roach, J.; Roberts, L. R.; Roberts, N. D.; Roberts, S. A.; Robertson, A. G.; Robertson, A. J.; Rodriguez, J. B.; Rodriguez-Martin, B.; Rodriguez-Gonzalez, F. G.; Roehrl, M. H. A.; Rohde, M.; Rokutan, H.; Romieu, G.; Rooman, I.; Roques, T.; Rosebrock, D.; Rosenberg, M.; Rosenstiel, P. C.; Rosenwald, A.; Rowe, E. W.; Royo, R.; Rozen, S. G.; Rubanova, Y.; Rubin, M. A.; Rubio-Perez, C.; Rudneva, V. A.; Rusev, B. C.; Ruzzenente, A.; Ratsch, G.; Sabarinathan, R.; Sabelnykova, V. Y.; Sadeghi, S.; Sahinalp, S. C.; Saini, N.; Saito-Adachi, M.; Saksena, G.; Salcedo, A.; Salgado, R.; Salichos, L.; Sallari, R.; Saller, C.; Salvia, R.; Sam, M.; Samra, J. S.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Sanders, G.; Sarin, R.; Sarrafi, I.; Sasaki-Oku, A.; Sauer, T.; Sauter, G.; Saw, R. P. M.; Scardoni, M.; Scarlett, C. J.; Scarpa, A.; Scelo, G.; Schadendorf, D.; Schein, J. E.; Schilhabel, M. B.; Schlesner, M.; Schlomm, T.; Schmidt, H. K.; Schramm, S. -J.; Schreiber, S.; Schultz, N.; Schumacher, S. E.; Schwarz, R. F.; Scolyer, R. A.; Scott, D.; Scully, R.; Seethala, R.; Segre, A. V.; Selander, I.; Semple, C. A.; Senbabaoglu, Y.; Sengupta, S.; Sereni, E.; Serra, S.; Sgroi, D. C.; Shackleton, M.; Shah, N. C.; Shahabi, S.; Shang, C. A.; Shang, P.; Shapira, O.; Shelton, T.; Shen, C.; Shen, H.; Shepherd, R.; Shi, R.; Shi, Y.; Shiah, Y. -J.; Shibata, T.; Shih, J.; Shimizu, E.; Shimizu, K.; Shin, S. J.; Shiraishi, Y.; Shmaya, T.; Shmulevich, I.; Shorser, S. I.; Short, C.; Shrestha, R.; Shringarpure, S. S.; Shriver, C.; Shuai, S.; Sidiropoulos, N.; Siebert, R.; Sieuwerts, A. M.; Sieverling, L.; Signoretti, S.; Sikora, K. O.; Simbolo, M.; Simon, R.; Simons, J. V.; Simpson, J. T.; Simpson, P. T.; Singer, S.; Sinnott-Armstrong, N.; Sipahimalani, P.; Skelly, T. J.; Smid, M.; Smith, J.; Smith-McCune, K.; Socci, N. D.; Sofia, H. J.; Soloway, M. G.; Song, L.; Sood, A. K.; Sothi, S.; Sotiriou, C.; Soulette, C. M.; Span, P. N.; Spellman, P. T.; Sperandio, N.; Spillane, A. J.; Spiro, O.; Spring, J.; Staaf, J.; Stadler, P. F.; Staib, P.; Stark, S. G.; Stebbings, L.; Stefansson, O. A.; Stegle, O.; Stein, L. D.; Stenhouse, A.; Stewart, C.; Stilgenbauer, S.; Stobbe, M. D.; Stratton, M. R.; Stretch, J. R.; Struck, A. J.; Stuart, J. M.; Stunnenberg, H. G.; Su, H.; Su, X.; Sun, R. X.; Sungalee, S.; Susak, H.; Suzuki, A.; Sweep, F.; Szczepanowski, M.; Sultmann, H.; Yugawa, T.; Tam, A.; Tamborero, D.; Tan, B. K. T.; Tan, D.; Tan, P.; Tanaka, H.; Taniguchi, H.; Tanskanen, T. J.; Tarabichi, M.; Tarnuzzer, R.; Tarpey, P.; Taschuk, M. L.; Tatsuno, K.; Tavare, S.; Taylor, D. F.; Taylor-Weiner, A.; Teague, J. W.; Teh, B. T.; Tembe, V.; Temes, J.; Thai, K.; Thayer, S. P.; Thiessen, N.; Thomas, G.; Thomas, S.; Thompson, A.; Thompson, A. M.; Thompson, J. F. F.; Thompson, R. H.; Thorne, H.; Thorne, L. B.; Thorogood, A.; Tiao, G.; Tijanic, N.; Timms, L. E.; Tirabosco, R.; Tojo, M.; Tommasi, S.; Toon, C. W.; Toprak, U. H.; Torrents, D.; Tortora, G.; Tost, J.; Totoki, Y.; Townend, D.; Traficante, N.; Treilleux, I.; Trotta, J. -R.; Trumper, L. H. P.; Tsao, M.; Tsunoda, T.; Tubio, J. M. C.; Tucker, O.; Turkington, R.; Turner, D. J.; Tutt, A.; Ueno, M.; Ueno, N. T.; Umbricht, C.; Umer, H. M.; Underwood, T. J.; Urban, L.; Urushidate, T.; Ushiku, T.; Uuskula-Reimand, L.; Valencia, A.; Van Den Berg, D. J.; Van Laere, S.; Van Loo, P.; Van Meir, E. G.; Van den Eynden, G. G.; Van der Kwast, T.; Vasudev, N.; Vazquez, M.; Vedururu, R.; Veluvolu, U.; Vembu, S.; Verbeke, L. P. C.; Vermeulen, P.; Verrill, C.; Viari, A.; Vicente, D.; Vicentini, C.; Vijayraghavan, K.; Viksna, J.; Vilain, R. E.; Villasante, I.; Vincent-Salomon, A.; Visakorpi, T.; Voet, D.; Vyas, P.; Vazquez-Garcia, I.; Waddell, N. M.; Waddell, N.; Wadelius, C.; Wadi, L.; Wagener, R.; Wala, J. A.; Wang, J.; Wang, J.; Wang, L.; Wang, Q.; Wang, W.; Wang, Y.; Wang, Z.; Waring, P. M.; Warnatz, H. -J.; Warrell, J.; Warren, A. Y.; Waszak, S. M.; Wedge, D. C.; Weichenhan, D.; Weinberger, P.; Weinstein, J. N.; Weischenfeldt, J.; Weisenberger, D. J.; Welch, I.; Wendl, M. C.; Werner, J.; Whalley, J. P.; Wheeler, D. A.; Whitaker, H. C.; Wigle, D.; Wilkerson, M. D.; Williams, A.; Wilmott, J. S.; Wilson, G. W.; Wilson, J. M.; Wilson, R. K.; Winterhoff, B.; Wintersinger, J. A.; Wiznerowicz, M.; Wolf, S.; Wong, B. H.; Wong, T.; Wong, W.; Woo, Y.; Wood, S.; Wouters, B. G.; Wright, A. J.; Wright, D. W.; Wright, M. H.; C. -L., Wu; D. -Y., Wu; Wu, G.; Wu, J.; Wu, K.; Wu, Y.; Wu, Z.; Xi, L.; Xia, T.; Xiang, Q.; Xiao, X.; Xing, R.; Xiong, H.; Xu, Q.; Xu, Y.; Xue, H.; Yachida, S.; Yakneen, S.; Yamaguchi, R.; Yamaguchi, T. N.; Yamamoto, M.; Yamamoto, S.; Yamaue, H.; Yang, F.; Yang, H.; Yang, J. Y.; Yang, L.; Yang, L.; Yang, S.; Yang, T. -P.; Yang, Y.; Yao, X.; Yaspo, M. -L.; Yates, L.; Yau, C.; Ye, C.; Ye, K.; Yellapantula, V. D.; Yoon, C. J.; Yoon, S. -S.; Yousif, F.; Yu, J.; Yu, K.; Yu, W.; Yu, Y.; Yuan, K.; Yuan, Y.; Yuen, D.; Yung, C. K.; Zaikova, O.; Zamora, J.; Zapatka, M.; Zenklusen, J. C.; Zenz, T.; Zeps, N.; Zhang, C. -Z.; Zhang, F.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, H.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, J.; Zhang, X.; Zhang, X.; Zhang, Y.; Zhang, Z.; Zhao, Z.; Zheng, L.; Zheng, X.; Zhou, W.; Zhou, Y.; Zhu, B.; Zhu, H.; Zhu, J.; Zhu, S.; Zou, L.; Zou, X.; Defazio, A.; van As, N.; van Deurzen, C. H. M.; van de Vijver, M. J.; van't Veer, L.; von Mering, C.

doi:10.1038/s41588-019-0558-9

Here, as part of the Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, for which whole-genome and—for a subset—whole-transcriptome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumor types was aggregated, we systematically investigated potential viral pathogens using a consensus approach that integrated three independent pipelines. Viruses were detected in 382 genome and 68 transcriptome datasets. We found a high prevalence of known tumor-associated viruses such as Epstein–Barr virus (EBV), hepatitis B virus (HBV) and human papilloma virus (HPV; for example, HPV16 or HPV18). The study revealed significant exclusivity of HPV and driver mutations in head-and-neck cancer and the association of HPV with APOBEC mutational signatures, which suggests that impaired antiviral defense is a driving force in cervical, bladder and head-and-neck carcinoma. For HBV, HPV16, HPV18 and adeno-associated virus-2 (AAV2), viral integration was associated with local variations in genomic copy numbers. Integrations at the TERT promoter were associated with high telomerase expression evidently activating this tumor-driving process. High levels of endogenous retrovirus (ERV1) expression were linked to a worse survival outcome in patients with kidney cancer.