FINOTELLO, FRANCESCA
FINOTELLO, FRANCESCA
Dipartimento di Medicina Molecolare - DMM
A genome-wide association study of diabetic kidney disease in subjects with type 2 diabetes
2018 Van Zuydam, N. R.; Ahlqvist, E.; Sandholm, N.; Deshmukh, H.; William Rayner, N.; Abdalla, M.; Ladenvall, C.; Ziemek, D.; Fauman, E.; Robertson, N. R.; Mckeigue, P. M.; Valo, E.; Forsblom, C.; Harjutsalo, V.; Perna, A.; Rurali, E.; Loredana Marcovecchio, M.; Igo, R. P.; Salem, R. M.; Perico, N.; Lajer, M.; Karajamaki, A.; Imamura, M.; Kubo, M.; Takahashi, A.; Sim, X.; Liu, J.; Van Dam, R. M.; Jiang, G.; Tam, C. H. T.; Luk, A. O. Y.; Lee, H. M.; Lim, C. K. P.; Szeto, C. C.; So, W. Y.; Chan, J. C. N.; Ang, S. F.; Dorajoo, R.; Wang, L.; Clara, T. S. H.; Mcknight, A. -J.; Duffy, S.; Warren, ; Pezzolesi, M. G.; Marre, M.; Gyorgy, B.; Hadjadj, S.; Hiraki, L. T.; Ahluwalia, T. S.; Almgren, P.; Schulz, C. -A.; Orho-Melander, M.; Linneberg, A.; Christensen, C.; Witte, D. R.; Grarup, N.; Brandslund, I.; Melander, O.; Paterson, A. D.; Tregouet, D.; Maxwell, A. P.; Lim, S. C.; Ma, R. C. W.; Shyong Tai, E.; Maeda, S.; Lyssenko, V.; Tuomi, T.; Krolewski, A. S.; Rich, S. S.; Hirschhorn, J. N.; Florez, J. C.; Dunger, D.; Pedersen, O.; Hansen, T.; Rossing, P.; Remuzzi, G.; Brosnan, M. J.; Palmer, C. N. A.; Groop, P. -H.; Colhoun, H. M.; Groop, L. C.; Mccarthy, M. I.; Koivula, S.; Uggeldahl, T.; Forslund, T.; Halonen, A.; Koistinen, A.; Koskiaho, P.; Laukkanen, M.; Saltevo, J.; Tiihonen, M.; Forsen, M.; Granlund, H.; Jonsson, A. C.; Nyroos, B.; Kinnunen, P.; Orvola, A.; Salonen, T.; Vahanen, A.; Paldanius, K. R.; Riihela, M.; Ryysy, L.; Laukkanen, K. H.; Nylanden, P.; Sademies, A.; Anderson, S.; Asplund, B.; Byskata, U.; Liedes, P.; Kuusela, M.; Virkkala, T.; Nikkola, A.; Ritola, E.; Niska, T. M.; Saarinen, H.; Oukko-Ruponen, S. E.; Virtanen, T.; Lyytinen, V. A.; Kari, P. H.; Simonen, T.; Kaprio, S. A.; Karkkainen, J.; Rantaeskola, B.; Kaariainen, T. P.; Haaga, J.; Pietilainen, A. L.; Klemetti, S.; Nyandoto, T.; Rontu, E.; Satuli-Autere, S.; Toivonen, K. R.; Lansimaki, H. V.; Ahonen, R.; Ivaska-Suomela, M.; Jauhiainen, A.; Laine, M. M.; Pellonpaa, T.; Puranen, R.; Airas, M. A.; Laakso, J.; Rautavaara, K.; Erola, R. M.; Jatkola, E.; Lonnblad, T. R.; Malm, A.; Makela, J.; Rautamo, E.; Hentunen, P.; Lagerstam, J.; Feodoroff, M.; Gordin, D.; Heikkila, O.; Hietala, K.; Fagerudd, J.; Korolainen, M.; Kyllonen, L.; Kyto, J.; Lindh, S.; Pettersson-Fernholm, K.; Rosengard-Barlund, M.; Sandelin, A.; Thorn, L.; Tuomikangas, J.; Vesisenaho, T.; Waden, J.; Sipila, V.; Kalliomaki, F. T.; Koskelainen, J.; Nikkanen, R.; Savolainen, N.; Sulonen, H.; Valtonen, E.; Norvio, L.; Hamalainen, A.; Toivanen, E.; Parta, J. A.; Pirttiniemi, I.; Aranko, S.; Ervasti, S.; Kauppinen-Makelin, R.; Kuusisto, A.; Leppala, T.; Nikkila, K.; Pekkonen, L.; Jokelainen, K. S.; Kananen, K.; Karjalainen, M.; Kemppainen, P.; Mankinen, A. M.; Reponen, A.; Sankari, M.; Suominen, P.; Lappalainen, A.; Liimatainen, M.; Santaholma, J.; Aimolahti, A.; Huovinen, E.; Ilkka, V.; Lehtimaki, M.; Palikko-Kontinen, E.; Vanhanen, A.; Koskinen, E.; Siitonen, T.; Huttunen, E.; Ikaheimo, R.; Karhapaa, P.; Kekalainen, P.; Laakso, M.; Lakka, T.; Lampainen, E.; Moilanen, L.; Tanskanen, S.; Niskanen, L.; Tuovinen, U.; Vauhkonen, I.; Voutilainen, E.; Huang, Y.; Lan, H. Y.; Lok, S.; Tomlinson, B.; Tsui, S. K. W.; Yu, W.; Yip, K. Y. L.; Chan, T. F.; Fan, X.; Tang, N.; Tian, X.; Chan, K. K. H.; Xie, F.; Ng, A. C. W.; Cheung, G. P. Y.; Yeung, M. W.; Mai, S.; Xie, F.; Zhang, S.; Yu, P.; Weng, M.; Savage, D. A.; Walker, J.; Thomas, S.; Viberti, G. C.; Boulton, A. J. M.; Marshall, S.; Demaine, A. G.; Millward, B. A.; Bain, S. C.; Makinen, V. P.; Ahola, A. J.; Dahlstrom, E.; Gordin, D.; Heikkila, O.; Hietala, K.; Kyto, J.; Lehto, M.; Lithovius, R.; Panduru, N. M.; Parkkonen, M.; Rosengard-Barlund, M.; Saraheimo, M.; Soderlund, J.; Soro-Paavonen, A.; Syreeni, A.; Thorn, L. M.; Tolonen, N.; Waden, J.; Mckay, G. J.; Isakova, T.; Guiducci, C.; Taylor, A.; Mirel, D. B.; Williams, W. W.; Brennan, E. P.; Sadlier, D. M.; Martin, F.; Godson, C.; Mayer, L.; Gubitosi-Klug, R.; Bourne, P.; Schutta, M.; Lackaye, M. E.; Gregory, N. S.; Kruger, D.; Jones, J. K.; Bhan, A.; Golden, E.; Aiello, L.; Larkin, M.; Nathan, D.; Ziegler, G.; Caulder, S.; Pittman, C.; Luttrell, L.; Lopes-Virella, M.; Johnson, M.; Gunyou, K.; Bergenstal, R.; Vittetoe, B.; Sivitz, W.; Flaherty, N.; Bantle, J.; Hitt, S.; Goldstein, D.; Hainsworth, D.; Cimino, L.; Orchard, T.; Wigley, C.; Dagogo-Jack, S.; Strowig, S.; Raskin, P.; Barnie, A.; Zinman, B.; Fahlstrom, R.; Palmer, J.; Harth, J.; Driscoll, M.; Mcdonald, C.; Lipps Hagan, J.; May, M.; Levandoski, L.; White, N.; Gatcomb, P.; Tamborlane, W.; Adelman, D.; Colson, S.; Molitch, M.; Lorenzi, G.; Mudaliar, S.; Johnsonbaugh, S.; Miller, R.; Canady, J.; Schade, D.; Bernal, M. L.; Malone, J.; Morrison, A.; Martin, C.; Herman, W.; Pop-Busui, R.; Cowie, C.; Leschek, E.; Cleary, P.; Lachin, J.; Zinman, B.; Lorenzi, G.; Braffett, B.; Steffes, M.; Arends, V.; Blodi, B.; Danis, R.; Lawrence, D.; Wabers, H.; Soliman, E.; Zhang, Z. M.; Campbell, C.; Hensley, S.; Keasler, L.; Mark, M.; Albertini, M.; Boustany, C.; Ehlgen, A.; Gerl, M.; Huber, J.; Scholch, C.; Zimdahl-Gelling, H.; Agardh, E.; Ajanki, T.; Al Maghrabi, N.; Apelqvist, J.; Bengtsson, E.; Berglund, L.; Bjorckbacka, H.; Blom-Nilsson, U.; Borell, M.; Burstrom, A.; Cilio, C.; Cinthio, M.; Dreja, K.; Duner, P.; Engelbertsen, D.; Fadista, J.; Gomez, M.; Goncalves, I.; Hedblad, B.; Hultgardh, A.; Johansson, M. E.; Kennback, C.; Kravic, J.; Lernmark, A.; Lindholm, E.; Ling, C.; Luthman, H.; Neptin, M.; Nilsson, J.; Nilsson, P.; Nilsson, T.; Nordin, G.; Ottoson-Laakso, E.; Persson, A.; Persson, M.; Persson, M. A.; Postma, J.; Pranter, E.; Rattik, S.; Sterner, G.; Tindberg, L.; Wigren, M.; Zetterqvist, A.; Akerlund, M.; Ostling, G.; Kanninen, T.; Ahonen-Bishopp, A.; Eliasson, A.; Herrala, T.; Tikka-Kleemola, P.; Hamsten, A.; Betsholtz, C.; Bjorkholm, A.; Foroogh, F.; Genove, G.; Gertow, K.; Gigante, B.; He, B.; Leander, K.; Mcleod, O.; Nastase-Mannila, M.; Patrakka, J.; Silveira, A.; Strawbridge, R.; Tryggvason, K.; Vikstrom, M.; Ohrvik, J.; Osterholm, A. M.; Thorand, B.; Gieger, C.; Grallert, H.; Ludwig, T.; Nitz, B.; Schneider, A.; Wang-Sattler, R.; Zierer, A.; Benigni, A.; Donadelli, R.; Lesti, M. D.; Noris, M.; Piras, R.; Ruggenenti, P.; Chassin, L.; Dalton, N.; Deanfield, J.; Horsford, J.; Rice, C.; Rudd, J.; Walker, N.; Whitehead, K.; Wong, M.; Adams, F.; Akbar, T.; Belch, J.; Dove, F.; Ellingford, A.; Farran, B.; Ferguson, M.; Henderson, G.; Houston, G.; Khan, F.; Leese, G.; Livingstone, S.; Looker, H.; Mccann, M.; Mcgurnaghan, S.; Morris, A.; Newton, D.; Pearson, E.; Reekie, G.; Smith, N.; Shore, A.; Aizawa, K.; Ball, C.; Bellenger, N.; Casanova, F.; Frayling, T.; Gates, P.; Gooding, K.; Hattersley, A.; Ling, R.; Mawson, D.; Shandas, R.; Strain, D.; Thorn, C.; Smith, U.; Hammarstedt, A.; Haring, H.; Sesti, G.; Fagerholm, E.; Parkkonen, M.; Tolonen, N.; Toppila, I.; Salomaa, V.; Havulinna, A.; Kristiansson, K.; Okamo, P.; Peltola, T.; Perola, M.; Pietila, A.; Ripatti, S.; Taimi, M.; Yla-Herttuala, S.; Babu, M.; Dijkstra, M.; Gurzeler, E.; Huusko, J.; Kholova, I.; Laakso, M.; Merentie, M.; Poikolainen, M.; Groves, C.; Juliusdottir, T.; Karpe, F.; Lagou, V.; Morris, A.; Cobelli, C.; Di Camillo, B.; Finotello, F.; Sambo, F.; Toffolo, G.; Trifoglio, E.; Bellazzi, R.; Barbarini, N.; Bucalo, M.; Larizza, C.; Magni, P.; Malovini, A.; Marini, S.; Mulas, F.; Quaglini, S.; Sacchi, L.; Vitali, F.; Ferrannini, E.; Boldrini, B.; Kozakova, M.; Mari, A.; Morizzo, C.; Mota, L.; Natali, A.; Palombo, C.; Venturi, E.; Walker, M.; Patrono, C.; Pagliaccia, F.; Rocca, B.; Nuutila, P.; Haukkala, J.; Knuuti, J.; Roivainen, A.; Saraste, A.; Mckeague, P.; Colombo, M.; Steckel-Hamann, B.; Bokvist, K.; Shankar, S.; Thomas, M.; Gan, L. M.; Heinonen, S.; Jonsson-Rylander, A. C.; Momo, R.; Schnecke, V.; Unwin, R.; Walentinsson, A.; Whatling, C.; Nogoceke, E.; Pacheco, G. D.; Formentini, I.; Schindler, T.; Tortoli, P.; Bassi, L.; Boni, E.; Dallai, A.; Guidi, F.; Lenge, M.; Matera, R.; Ramalli, A.; Ricci, S.; Viti, J.; Jablonka, B.; Crowther, D.; Gassenhuber, J.; Hess, S.; Hubschle, T.; Juretschke, H. P.; Rutten, H.; Sadowski, T.; Wohlfart, P.; Clerin, V.; Hyde, C.; Malarstig, A.; Pullen, N.; Tilley, M.; Tuthill, T.; Vangjeli, C.
A strategy to reduce technical variability and bias in RNA sequencing data.
2013 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Barzon, Luisa; Mazzon, PAOLO EMILIO; P., Fontana; Toppo, Stefano; DI CAMILLO, Barbara
Analysis of whole blood transcriptome of Spinal Muscular Atrophy patients using RNA-seq
2014 A., Benguría; Finotello, Francesca; S., Callejas; R., Álvarez; F., Sánchez Cabo; DI CAMILLO, Barbara; C., Hernández Chico; A., Dopazo
Benchmarking RNA-seq mapping strategies for paired-end reads
2014 Baruzzo, Giacomo; Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Agenese, Serafini; Provvedi, Roberta; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; Manganelli, Riccardo; DI CAMILLO, Barbara
Characterization and reduction of biases in RNA sequencing data
2012 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Barzon, Luisa; P., Fontana; Toppo, Stefano; DI CAMILLO, Barbara
Colonic microbiota and gene methylation in colonic carcinogenesis
2014 Scarpa, M.; Barzon, Luisa; Costanzi, G.; Lavezzo, Enrico; Finotello, Francesca; Erroi, F.; Dallagnese, L.; Basato, S.; Brun, Paola; Toppo, S.; DI CAMILLO, Barbara; Castoro, C.; Castagliuolo, I.
Comparative analysis of algorithms for whole-genome assembly of pyrosequencing data
2012 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Fontana, P; Peruzzo, Denis; Albiero, A; Barzon, Luisa; Falda, Marco; DI CAMILLO, Barbara; Toppo, Stefano
Comparison of parametric methods for detecting differential expression in RNA sequencing data
2012 Finotello, Francesca; Lavezzo, Enrico; Barzon, Luisa; Fontana, P; Si Ammour, A; Toppo, Stefano; DI CAMILLO, Barbara
Complete and comparative analysis of algorithms for whole genome shotgun assembly
2010 Finotello, Francesca; Peruzzo, Denis; Lavezzo, Enrico; DI CAMILLO, Barbara; Toffolo, GIANNA MARIA; Cobelli, Claudio; Toppo, Stefano
Computational methods for the analysis of gene expression from RNA sequencing data
2014 Finotello, Francesca
Draft Genome Sequences of Two Neisseria meningitidis Serogroup C Clinical Isolates
2010 Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Barzon, Luisa; Cobelli, Claudio; DI CAMILLO, Barbara; Finotello, Francesca; Franchin, Elisa; Peruzzo, Denis; Toffolo, GIANNA MARIA; Trevisan, Marta; Palu', Giorgio
FunPat: a function-based pattern analysis framework for RNA-seq time-series data.
2014 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
FunPat: a function-based pattern analysis pipeline for RNA-seq time-series data.
2014 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
FunPat: function-based pattern analysis on RNA-seq time series data
2015 Sanavia, Tiziana; Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Genomic comparative analysis and gene function prediction in infectious diseases: application to the investigation of a meningitis outbreak
2013 Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Franchin, Elisa; DI CAMILLO, Barbara; Finotello, Francesca; Falda, Marco; Manganelli, Riccardo; Palu', Giorgio; Barzon, Luisa
Global transcriptomic analysis of human pancreatic islets reveals novel genes influencing glucose metabolism
2014 Fadista, J; Vikman, P; Laakso, Eo; Mollet, Ig; Esguerra, Jl; Taneera, J; Storm, P; Osmark, P; Ladenvall, C; Prasad, Rb; Hansson, Kb; Finotello, F; Uvebrant, K; Ofori, Jk; Di Camillo, B; Krus, U; Cilio, Cm; Hansson, O; Eliasson, L; Rosengren, Ah; Renström, E; Wollheim, Cb; Groop, L.
Hypoglycemia-induced EEG complexity changes in Type 1 diabetes assessed by fractal analysis algorithm
2017 Scarpa, F.; Rubega, M.; Zanon, M.; Finotello, F.; Sejling, A. -S.; Sparacino, G.
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort
2016 Hill, Steven M; Heiser, Laura M; Cokelaer, Thomas; Unger, Michael; Nesser, Nicole K; Carlin, Daniel E; Zhang, Yang; Sokolov, Artem; Paull, Evan O; Wong, Chris K; Graim, Kiley; Bivol, Adrian; Wang, Haizhou; Zhu, Fan; Afsari, Bahman; Danilova, Ludmila V; Favorov, Alexander V; Lee, Wai Shing; Taylor, Dane; Hu, Chenyue W; Long, Byron L; Noren, David P; Bisberg, Alexander J; Mills, Gordon B; Gray, Joe W; Kellen, Michael; Norman, Thea; Friend, Stephen; Qutub, Amina A; Fertig, Elana J; Guan, Yuanfang; Song, Mingzhou; Stuart, Joshua M; Spellman, Paul T; Koeppl, Heinz; Stolovitzky, Gustavo; Saez Rodriguez, Julio; Mukherjee, Sach; HPN DREAM, Consortium: Rami Al Ouran; Bernat, Anton; Tomasz, Arodz; Omid, Askari Sichani; Neda, Bagheri; Noah, Berlow; Anwesha, Bohler; Jaume, Bonet; Richard, Bonneau; Gungor, Budak; Razvan, Bunescu; Mehmet, Caglar; Binghuang, Cai; Chunhui, Cai; Azzurra, Carlon; Lujia, Chen; Mark, F. Ciaccio; Gregory, Cooper; Susan, Coort; Chad, J. Creighton; Seyed Mohammad Hadi, Daneshmand; Alberto, de la Fuente; DI CAMILLO, Barbara; Dutta, Moscato; Kevin, Emmett; Chris, Evelo; Mohammad Kasim, H. Fassia; Justin D, Finkle; Finotello, Francesca; Xi, Gao; Jean, Gao; Javier, Garcia Garcia; Samik, Ghosh; Giaretta, Alberto; Ruth, Großeholz; Justin, Guinney; Christoph, Hafemeister; Oliver, Hahn; Saad, Haider; Takeshi, Hase; Jay, Hodgson; Bruce, Hoff; Chih, Hao Hsu; Ying, Hu; Xun, Huang; Mahdi, Jalili; Xia, Jiang; Tim, Kacprowski; Lars, Kaderali; Mingon, Kang; Venkateshan, Kannan; Kaito, Kikuchi; Dong Chul, Kim; Hiroaki, Kitano; Bettina, Knapp; George, Komatsoulis; Andreas, Krämer; Miron, Bartosz Kursa; Martina, Kutmon; Yichao, Li; Xiaoyu, Liang; Zhaoqi, Liu; Yu, Liu; Songjian, Lu; Xinghua, Lu; Manfrini, Marco; Marta R. A, Matos; Daoud, Meerzaman; Wenwen, Min; Christian, Lorenz Müller; Richard E, Neapolitan; Baldo, Oliva; Stephen, Obol Opiyo; Ranadip, Pal; Aljoscha, Palinkas; Joan, Planas Iglesias; Daniel, Poglayen; Sambo, Francesco; Sanavia, Tiziana; Ali, Sharifi Zarchi; Janusz, Slawek; Adam, Streck; Sonja, Strunz; Jesper, Tegnér; Kirste, Thobe; Toffolo, GIANNA MARIA; Trifoglio, Emanuele; Qian, Wan; Lonnie, Welch; Jia, J. Wu; Albert, Y. Xue; Ryota, Yamanaka; Chunhua, Yan; Sakellarios, Zairis; Michael, Zengerling; Hector, Zenil; Shihua, Zhang; Zhike, Zi
Measuring differential gene expression with RNA-seq: challenges and strategies for data analysis
2015 Finotello, Francesca; DI CAMILLO, Barbara
Measuring the diversity of the human microbiota with targeted next-generation sequencing
2016 Finotello, Francesca; Mastrorilli, Eleonora; DI CAMILLO, Barbara